Il est fréquent que l’endométriose atteigne les organes urinaires ou digestifs, étant donné leur proximité avec l’utérus. Elle peut alors occasionner des difficultés urinaires donnant l’impression d’une cystite (infection urinaire). Néanmoins, ces troubles sont rythmés par les règles. Cela peut entrainer, à l’image d’une cystite, un besoin fréquent d’uriner, ce qui est signe d’irritation. Ce besoin peut être associé ou non à des douleurs similaires à des crampes. Ces différents symptômes sont classiques d’une atteinte vésicale profonde. Ce besoin d’uriner, associé à des douleurs survenant en début, milieu ou fin de miction peut être signe de présence de la maladie de l’endométriose proche des structures de la vessie.

Il peut arriver que des douleurs, associées ou non à des saignements, surviennent lors d’un passage à la selle en période de règles. Cela peut alors être signe d’une atteinte vaginale et/ou rectale. Comme pour la miction, les douleurs, sous forme de crampes, surviennent avant, pendant ou après le passage à la selle.